Sejarah berdirinya Madrasah Aliyah Al-Qudsiyah Klotok tidak dapat dipisahkan dari peran serta para tokoh masyarakat dan para Pengurus Yayasan Al-Qudsiyah. Ide pendirian madrasah bermula dari adanya kebutuhan yang mendesak saat itu, akan adanya lembaga pendidikan setingkat SLTA yang berbentuk Madrasah di desa Klotok Kecamatan Plumpang Kabupaten Tuban. Penggagas ide pada saat itu adalah Bapak KH Abdul Qudus Ibrahim. Bersama tokoh-tokoh yang lain beliau mengajak bersama-sama untuk mewujudkan berdirinya madrasah aliyah tersebut.
Melalui proses yang panjang dan berliku serta berkali-kali mengadakan pertemuan untuk bertukar pendapat dan mencari berbagai masukan, maka diputuskan untuk mendirikan sebuah lembaga pendidikan setingkat SLTA itu.
Setelah persiapan dianggap cukup, maka secara resmi pada tanggal 01 Juli 1998 didirikan Madrasah Aliyah Al-Qudsiyah Klotok yang berlokasi di desa Klotok kecamatan Plumpang Kabupaten Tuban yang bernaung di bawah Yayasan Al-Qudsiyah.
Pada saat awal mula dibuka pendaftaran untuk pertama kali, siswa yang diperoleh sebanyak 14 siswa. Ternyata perkembangan madrasah semakin hari semakin berkembang, terbukti dengan semakin meningkatnya animo para orang tua untuk menyekolahkan anaknya di madrasah ini. Dan sampai tahun pelajaran 2018/2019 ini, jumlah siswa keseluruhan mencapai 173 siswa yang terdiri dari enam rombongan belajar.
Dalam kelanjutannya, Madrasah Aliyah Al-Qudsiyah sampai saat ini sudah berganti kepala madrasah 3 kali, yang pertama Bapak Drs. H.Ach Muthohar dari Tahun 1998 sampai 2007 kemudian dilanjutkan oleh Bapak Abdul Ghofar,S.Ag dari Tahun 2008 sampai 2016,dan Bapak Drs. Subakir dari Tahun 2017 sampai sekarang.
Madrasah ini berdiri diatas tanah wakaf yang berukuran 2835 m2, yang beralamat di Jalan Jenderal Sudirman Desa Klotok Kecamatan Plumpang Kabupaten Tuban ini dibangun gedung Madrasah Aliyah Al-Qudsiyah secara permanen. Di lokasi inilah madrasah ini melakukan benah diri dan inovasi secara terus menerus untuk mengikuti dinamika perkembangan zaman sehingga tetap eksis di tengah-tengah persaingan dunia pendidikan saat ini, melalui peningkatan bidang akademik maupun non akademik.